Začnime hneď u tých najjednoduchších. Ako každé iné zviera aj kliešte trpia najrôznejšími chorobami. Sú napádané celým radom mikroorganizmov, baktériami začínajúc, kvasinkami a hubami končiac. Kliešte napádajú tiež niektoré

druhy prvokov a červov, ktoré prenikajú do ich útrob, množia sa a kliešte zahubia. Na obrázku vpravo môžete vidieť kliešť napadnuté hubou druhu Metarhizium anisopliae. Tá je veľmi nádejným kandidátom pre biologickú kontrolu premnoženia kliešťov.

Ďalšou skupinou prirodzených nepriateľov kliešťov sú zástupcovia hmyzu. Obzvlášť zraniteľné sú napiť kliešte, ktoré odpadli z hostiteľa a chystajú sa metamorfovat alebo znášať vajíčka. Tie patria na jedálniček mnohých zástupcov tejto rozsiahlej živočíšnej ríše. Sú to napr. mravce, draví chrobáci, pavúky - hlavne skákavky, ale tiež lietavý hmyz ako  najrôznejšie druhy dravých vážok, múch alebo ôs. Na obrázku hore môžete vidieť kliešťa napadnutého dvoma mravcami, ktorý pravdepodobne skončí v mravčej špajze.

Zo zástupcov lietajúceho blanokrídleho hmyzu je to drobná a nenápadná osička 

patriaca do rodu Ixodiphagus (druh Ixodiphagus hookeri na obrázku). Tá je obzvlášť nebezpečným nepriateľom kliešťov. Táto, len niekoľko milimetrov veľká osička, kladie svoje vajíčka do lariev kliešťov, ktoré sa tak stávají potravou pre vyliahnuté osie larvy.

Kliešte majú nepriateľov i medzi obojživelníkmi a plazmi. Stávajú sa korisťou hlavne žiab a jašteríc, a to pri číhaní na hostiteľa alebo po odpadnutí z neho na zem.

Ďalšou početnou armádou nepriateľov kliešťov sú vtáci. Patrí sem väčšina hrabavých vtákov. Hoci sa v zahraničí za najaktívnejšiu považuje perlička kropenatá, u nás sú to hlavne sliepky, bažanty, jarabice a ďalšie hrabavé vtáky. Pravdou je, že vtáky vyzobú hlavne väčšie nacicané kliešte, teda nymfy a dospelé jedince.

Vtáky veľmi často likvidujú kliešte tiež priamo prisaté na väčšom dobytku. Tak napr. Veľmi pohľadný africký vták klubák žltozobá vyzobať denne až niekoľko stoviek kliešťov z chrbtov byvolov (na obrázku). Podobne výkonný čistič je aj volavka chochlatá a ďalšie druhy vtákov s podobným spôsobom obživy. Kliešte majú nepriateľov i medzi cicavcami. Sú to hlavne drobné hlodavce, ktoré v rámci sebačistenia a čistenia sa navzájom si prisaté kliešte vyhryzujú. U cicavcov však nesmieme zabudnúť na najväčšieho nepriateľa kliešťov, a tým nie je nikto iný ako človek.